员贝屿形状仿佛贝壳，也是个依形命名的玄武岩小岛，北半部海岸玄武岩柱状节理发达，北端有称为「笔」和「砚」的岩柱和海蚀洞景观，东侧则有成扇状排列的玄武岩柱，犹如百折裙般，甚具赏景趣味。

员贝屿与白沙岛的沙港之间海域，亦有珍贵的珊瑚礁区，蕴藏着丰富的海洋生态。